当认证申请所报资料被技术审查通过后，将由国家药品监督管理局认证中心负责组织GMP认证现场检查。

        根据多年来GMP认证的实践，一般把认证检查项目分为关键项目和一般项目。关键项目如不合格将严重影响药品质量，称为严重缺陷；一般项目如不合格，称为一般缺陷。但如一般缺陷项目也被发现严重影响到药品质量时，则也视同严重缺陷。

        显然，要想通过GMP认证，就不能有一项严重缺陷，而一般缺陷也只能占总项目的较小比例。如果有个别严重缺陷（如不超过三项），而一般缺陷项目又达到一定比例（如1/5 以上）；或者虽然没有一定缺陷，但严重缺陷项目不只一项，一般在超过三项时，则不太可能得到认证通过。

        缺陷项目在上述范围之间的，一般将限期（一般为几个月到半年）整改，并由主管机构追踪检查。

        经过现场检查与认证合格的企业，由国家药品监督管理局颁发《药品GMP证书》，老企业有效期为5年，新企业有效期为一年。在证书有效期内，每两年检查一次，必要时还进行抽查，不合格者随时被撤消其证书。