食品安全管理体系审核始终是围绕着认证范围内的产品品种、生产和服务提供过程展开的，审核员在不同的审核阶段重点关注的内容不同。
1、文件审核
    文件审核的目的就是确定文件与标准的符合性、文件的系统性和可操作性。审核员不仅对文件组织机构的设置、职责分配、基础设施维护、操作性前提方案的设计进行评价，还要根据审核组织提交的申请书中涉及的产品，通过对每个产品的工艺流程图、原辅料描述、终产品描述，来确认危害分析是否充分、关键控制点的设置是否合理，监控措施、验证措施的可操作性。审核中容易出现的问题有：
    1）流程图的审核。
    流程图是危害分析的基础，它可以包括工艺流程图、气流图、人流图、物流图和生产厂区、车间的平面布置图。一个好的流程图能够显示各步骤可能引入的危害控制、危害变化等内容，有助于识别产品加工过程中危害水平的增加情况。由于种种原因，很多申请组织提交的工艺流程图不能满足标准的要求，往往是按照操作步骤画出流程图，忽视了辅料和中间品的加入点、返工点、循环点、副产品的转出点及废弃物的排放点。
    2）原料、辅料和与产品接触的材料描述的审核
    在这个环节上申请组织容易出的两个问题。第一，不是将所有的容易引入危害的辅料、接触材料进行描述，只对主要的原、辅料进行描述。我们知道，在当今世界越来越多地化学物质以及着色、增稠、防粘、防腐、抗氧、甜味、稳定、凝固的作用被以助剂的形式引入到食品中，这些化学物质大大提高了食品稳定性和外观质量，同时也引入了化学危害。但申请组织在体系文件中很少对添加剂进行描述。第二，虽然对主要原、辅料进行了描述，但对其产地、生产方法、使用和生产前的预处理没有进行描述。这对于以原料接收为关键控制点的组织来说，在进行危害分析时容易遗漏原、辅料验收带来的显著危害。
    3）关注文件中是否对食品添加剂的添加量做出了明确了规定，使用范围和最大添加量是否符合国家标准的要求。
2、第一阶段审核
    第一阶段审核的目的是通过对申请组织食品安全管理体系文件审核、收集必要的信息，了解受审核方的活动、产品或服务的全过程，判断食品安全危害的分析情况，调查申请方在其内部和食品链上进行沟通的充分性、适宜性和符合性、采取的预防措施和可接受水平确定的合理性、调查危害识别和评价的充分性及食品安全管理体系计划确定的可行性，包括与受审核方就确定关键控制点及其关键限值的适宜性进行确认，适用的法律法律的识别情况，并对受审核方食品安全管理体系的策划及内审、管理评审情况等进行初步审查。通过一阶段审核来判定组织是否已经建立并实施了食品安全管理体系，是否具备二阶段审核条件，为策划二阶段审核方案提供信息。
3、第二阶段审核
    第二阶段审核是在第一阶段审核提出的问题已得到解决和澄清的基础上进行。第二阶段审核的目的是在组织的现场通过系统地、完善地审核，以评定申请方的食品安全管理体系是否满足所有适用的认证准则的要求，是否推荐认证注册。
    第二阶段审核围绕认证范围内的产品的加工展开，主要审核：
    1）评价申请方的食品安全管理体系实施的有效性，包括HACCP计划与前提方案的实施、对安全危害的控制能力、产品实物的安全状况、系统实现方针目标的情况等；
    2）评价对适用法律法规的符合性；
    3）评价当法律法规的要求变更和新的危害产生时能否及时地调整危害分析并有效控制；
    ……
    重点介绍容易忽略的问题：
    1）受审核方有卫生检验部门提供的生产用水的定期检验报告，但忽视了对生产用水的余氯的定期检验。尤其是自备井水的生产企业，每周应进行一次微生物指标的自检，每日应对余氯进行一次检测。
    2）食品添加剂的控制
    加工过程中使用的增稠剂、膨化剂、漂白剂、消泡剂、酸度调节剂等等都是化学品，如果在生产中使用不当或使用了违禁物质，将会给食品安全带来极品的危害，所以审核时，会到库房察看库房是否存放违禁物质，如苏丹红等。车间工艺记录使用了哪些添加剂及添加量。
    3）包装材料
    塑料包装材料的验收既要看包装材料的质量，又要关注其卫生指标，既要看微生物的指标，又要看其有机溶剂的残留量。