1、按用途分类

        1）工业洁净室——以无生命微粒的控制为对象。主要控制无生命微粒对工作对象的污染 ，其内部一般保持正压。它适用于精密工业、电子工业、宇航工业、化学工业、原子能工业、印刷工业和照相工业等部门。

        2）生物洁净室——以有生命微粒的控制为对象，又可分为：a、一般生物洁净室，主要控制有生命微粒对工作对象的污染。同时其内部材料要能经受各种灭菌剂侵蚀，内部一般保持正压。实质上这是一种结构和材料允许作灭菌处理的工业洁净室，可用于食品工业（防止变质、生霉）、制药工业（高纯度、无菌制剂）、医疗设施（手术室、各种制剂室、调剂室）、动物实验主设施（无菌动物饲育）和研究实验设施（理化、洁净实验室）等部门。  b 、生物学安全洁净室，主要控制工作对象的有生命微粒对外界和人的污染，内部保持负压，用于研究实验设施和生物工程。

        根据上述分类可以清楚地看出，工业洁净室和生物洁净室都要应用清除空气中微粒的原理，因此本质上它们是一样的。略微不同的是，对于附着于表面上的微粒，工业洁净室一般用擦净的办法就可以大大减少表面上的微粒数量，而生物洁净室因为是针对有生命微粒，而一般的擦洗可能给有生命微粒带来水分和营养，反而能促进其繁殖，增长其数量。因此，对生物洁净室来说，必须用表面消毒的办法来取代一般擦拭。认识洁净室的分类和作用原理，就知道对于药厂的生物洁净室来说，在日常管理措施上不至于认为有了洁净室就万事大吉了。

2、按气流流型分类。气流流型就是气流轨迹的形式，按此可作以下分类：

        1）单向流洁净室。在整个洁净室工作区的横截面上通过的气流为单向流。单向流，就是流向单一、速度均匀、没有涡流的气流流动，过去也曾称为层流。

        2）非单向流洁净室（也称乱流洁净室）。在整个洁净室工作区的横截面上通过的气流为非单向流。非单向流，就是方向多变、伴有涡流的气流流动。

        3）辐流洁净室。在整个洁净室的纵断面上通过的气流为辐流。辅流，就是风口出流为辐射状不交叉的气流流动，辅流也称为矢流、径流。

        4）混合流洁净室。在整个洁净室内既有乱流又有单向流。混合流不是一种独立的气流流型。